Osnovan je Gradski muzej u Čakovcu.
Počeo je s radom 15. ožujka 1954. godine.
Od 1965. godine nosi naziv Muzej Međimurja Čakovec.
Od 1966. do 1971. godine Muzej je dio Radničkog sveučilišta.
Samostalna je ustanova od 28. svibnja 1971. godine i djeluje kao Muzej Međimurja Čakovec od 1. srpnja 1971. godine.